Animasyon serisi, aynı tema şarkısı da dahil olmak üzere HBO orijinal canlı aksiyon serisiyle aynı formülü izledi. Çoğu bölüm 15 dakikalık iki hikayeden oluşuyordu; ancak, birkaçı 30 dakikalık tek bir olay örgüsü sundu. Animasyon versiyonu, bölüm başına en az bir melodi ile orijinal şarkı geleneğini sürdürdü ("Let Me Be Your Song" gibi kukla versiyonundan geri dönüştürülmüş birkaç şarkı dahil). Orijinal sürümünde, animasyon bölümleri, Doc'un atölyesinden gelen gösteriyi tanıtan Uncle Traveling Matt'in orijinal kukla versiyonunun görüntüleri ile kitaplara son verildi. Fraggle Rock'ın animasyon versiyonu sadece bir sezon (13 bölüm) sonra iptal edildi. En göze çarpan fark, canlı aksiyon versiyonundan farklı olarak, Doc'un animasyonlu versiyonunun Nanny'nin Muppet Babies'teki gibi boyundan aşağı gösterilmesidir.