Yazının doğuşundan bu yana, gizliliğe de ihtiyaç duyulmuştur. Kodların hikayesi, bu gizli mesajları şifrelemek ve kırmak için matematik, dilbilim, makineler, bilgisayarlar, içgüdü, mantık ve dedektiflik kullanan zeki kadın ve erkeklerin hikayesidir. Dizi, İskoçya Kraliçesi Mary'nin kendi şifresiyle nasıl tuzağa düştüğünü; 'kırılamaz' Vigenère kodunun kırılmasının İngiliz hükümeti tarafından nasıl örtbas edilen bir Viktorya dönemi sırrı olarak kaldığını; tek bir şifreli telgrafın tam zamanında kırılmasının Birinci Dünya Savaşı'nın gidişatını nasıl değiştirdiğini ve Rosetta Taşı'nın gizemlerinin nasıl açığa çıktığını ve bunun sonucunda Mısır hiyerogliflerinin nasıl çözüldüğünü anlatıyor. Dizi ayrıca, günümüzde İnternet'teki gizlilik endişelerini ve sözde açık anahtarlı şifrelemenin icadını da araştırıyor.