Joseon Gizli Dosyaları, Joseon Tarihi Yıllıkları'nda tuhaf bir bükülme ile ayrıntıları verilen vakalara dayanıyor; bu olaylar, bilimle açıklanamayan gizemli, doğaüstü unsurları içerir. Kim Hyung Do, idari suistimallerine yönelik araştırmalarına tek başına odaklanması onu bu garip gizemlerle doğrudan temasa geçiren bir devlet müfettişi. Heo Yoon Yi, kendisine yardım eden ve sinizminin aksine bu bilimsel imkansızlıkları açık fikirli bir şekilde anlamaya çalışan bir devlet çalışanıdır.