Angry Birds Mystery Island, üç yeni yavruyu (Mia, Rosie ve Buddy) ve Hamylton adlı bir döviz domuz yavrusunu, tüm masrafları karşılanan ada kaçamağı sırasında takip edecek ve burada kendilerini yanlışlıkla keşfedilmemiş bir adaya fırlatılmış olarak bulacaklar. Etrafta herhangi bir yetişkin olmadan yeni çevrelerinin egzotik manzaralarını, kokularını ve açıklanamayan fenomenlerini keşfetmeye bırakılan paçavra grubu, hayatta kalmak ve eve geri dönmek için adanın gizemlerini birlikte çözmeleri gerektiğini çabucak öğrenir.