Dünya Federasyonu ile Zeon Prensliği arasındaki büyük savaş neredeyse bitti. Tarafsız bir uzay kolonisi olan Side 6'da Federasyon gizlice yeni ve güçlü bir Gundam inşa ediyor. Küçük bir çocuk olan Alfred Izuruha ve arkadaşları savaştan ve hareketli kıyafetlerden büyülenmişlerdir. Al, Federasyon üssünde oynarken, yanlışlıkla Antarktika üssünden yeni gelen Federasyon mobil kıyafeti Gundam NT-1 "Alex" i filme alır. Zion'un Gundam'ı yok etme girişimi başarısız olduğunda, Al hasarlı bir Zaku'yu kaza yerine kadar takip eder ve pilot, acemi pilotu Bernard "Bernie" Wiseman ile tanışır. Bernie, Al'ın komşusu büyüleyici Christina MacKenzie'ye aşık olur. Bernie'nin yok etmeye çalıştığı Gundam'ın test pilotudur. Al, savaşın gerçekleriyle yüz yüze gelecek ve hayatını sonsuza dek değiştirecek.