Hikâye, pek de sıra dışı olmayan bir kırsal kesimde bulunan ve sakinlerinin başına büyük ve tuhaf bir olayın geldiği bir kasabada geçiyor. Ancak Shizuru Chikura adlı genç bir kızın, kaybettiği arkadaşını tekrar görmek için güçlü bir isteği vardır. Shizuru ve diğer üç kız terk edilmiş bir trene biner ve hayatta kalmanın kesin olmadığı dış dünyaya doğru yola çıkarlar. Kıyamet Treni'nin son durağında onları neler bekliyor?