Ninjalar, Japon tarihinin dönüm noktalarından biriydi ve şimdi bile Japon toplumunun perde arkasında gizli görevler üstleniyorlar. Modern Japonya'da geçen House of Ninjas, geçmişte yaşanan belirli bir olaydan sonra köklerini terk eden son ninja ailesi olan Tawara ailesinin, ulusu sarsmakla tehdit eden Japon tarihindeki en büyük krizi üstlenmesi gereken hikayesini anlatıyor. çekirdeği.