Yıl 2199. İnsan ırkı, işgalcinin saldırısıyla yer altı şehirlerine sürülen Gamilos ile yaptıkları savaşta ezildi. Bilim adamları sadece bir yıllarının kaldığını tahmin ediyor. Genç subaylar Susumu Kodai ve Daisuke Shima, Mars'a acil iniş yapan ve onunla birlikte Dünya'ya dönen bir gemiden gizemli bir kapsül alır. İnsanlığın son umudunu içeriyor: Macellan Galaksisinin diğer tarafındaki Iscandar gezegeni, Gamilos'u yenmek ve gezegeni restore etmek için gerekli teknolojiye sahip. Yamato uzay savaş gemisine bu görev emanet edildi, ancak insanlığın sona ermesine sadece bir yıl var.