My Little Pony: Equestria Girls, sihirli bir aynadan erişilen paralel dünyada Prenses Twilight Sparkle'ı takip ediyor. Midilli arkadaşları Rainbow Dash, Pinkie Pie, Applejack, Rarity ve Fluttershy'nin meslektaşları ve asistanı Spike ile birlikte Twilight, Canterlot Lisesi'ndeki çeşitli büyülü olaylarla uğraşmak zorunda kalacak. Twilight'ın yerine geçecek (Equestria'daki Dostluk Prensesi olarak görevlerinden dolayı): Prenses Celestia'nın eski öğrencisi Sunset Shimmer; ve Prenses Twilight Sparkle'ın bilime meyilli paralel dünyadaki karşılığı Twilight "Sci-Twi" Sparkle.