Her şey Astronomi Kulübü üyelerinden birinin ölümüyle başladı. Bundan, kulübün rivayet edilen hayaleti canlandı. Huysuz uykusuzluk hastası Ganta Nakami, Astronomi Kulübü'nün terk edilmiş gözlemevinde orta derecede asi ama uyumlu Isaki Magari'ye rastlar. Magari sarsılarak uyanır ve olay yerinden kaçmaya çalışır, ancak kırık bir kapı bunu engelleyerek ikisini içeri girmeye zorlar. İkili beklenmedik bir dostluk kurar ve gözlemevini etkileşim kurmaları için güvenli bir alan olarak kullanmalarına yol açar. Kimi wa Houkago Insomnia, uykusuzluk çeken Nakami ve Magari'nin yıldızların aydınlattığı gözlemevinde uykusuzlukla ve bunun öğrenci hayatı üzerindeki kalıcı etkileriyle başa çıkmalarına yardımcı olurken geçirdikleri zamanı konu alıyor.