Lisenin ilk gününde Haruhi Suzumiya adında güzel bir kız kendini "sıradan insanlarla ilgilenmediğini" tanıttı. Herhangi bir uzaylıdan, zaman yolcusundan, kaydırıcıdan veya esperden kendisine katılmasını ister. Onun tuhaf davranışlarını izleyen Kyon, Haruhi'nin önünde oturan ve onunla konuşan tek kişi. Haruhi'nin okuldaki her kulübe katılması ve ardından farkında olmadan Kyon'dan ayrılması üzerine yorum yapmak Haruhi'ye okuldan sonra kendi kulübünü kurma fikrini verir. Bundan sonra Kyon ve diğer birkaç kişi, Suzumiya Haruhi'nin eğlenceli Tugayı (kısaca S.O.S. Tugayı) ile aşırı yükleyerek kendilerini kelimenin tam anlamıyla Dünyamızı Kurtar'a sürüklenirken bulurlar.