Kyle XY geçmişi olmayan bir genç hakkında inanılmaz bir gizem. Dizide, öfke, sevinç ve sevgi gibi içgüdüsel insan davranışlarını eksik olan 16 yaşındaki genç bir savcı olan Kyle ve onu bulan aile arasındaki şaşırtıcı yolculuğu anlatılıyor. Ormandan çıkıp trafiğe yürüdükten sonra Kyle, ilk yemek yeme ve insan etkileşimi deneyimleriyle temasa geçen bir gençlik gözaltı merkezine gönderilir: hepsi dost değil. Merkezde Kyle'ın sıradan bir genç gibi olmadığını, özellikle de göbek deliğini kaçırdığını fark ettiklerinde fark ederler. 'Bu çocuk kim?' ve 'Nereden geldi?' psikolog Nicole Trager, çok ihtiyaç duyulan cevapları almaya yardımcı olmak için çağrıldı.