Hikaye, ne yazık ki başkalarına oldukça kapalı görünen sınıf arkadaşlarından biri olan Yomi Takanashi ile bağlantı kurmak isteyen genç bir üniversiteli kız olan Kuroi Mato'yu takip ediyor. Bir gün genç kız arkadaşını ziyaret etme ve en sevdiği resimli kitabı onunla paylaşma fırsatını yakalar. Aynı zamanda Yomi'nin evinde, Kuroi, Yomi'nin en iyi arkadaşından başkası olmayan tekerlekli sandalyeli genç bir kız olan Kagari Izuriha ile tanışır. Kuroi'nin bilmediği şey, onunkine paralel, her insanın ikinci kişiliğinin yaşadığı ve uzun süredir aralıksız bir savaşın sürdüğü bir dünya olduğudur. Bu dünyada, kendi ikinci kişiliğine Black Rock Shooter denir, gözü gizemli bir mavi alevi yakan genç bir kadın... Bu iki dünyanın sakinleri arasında bir bağlantı var mı?