Binbaşı Motoko Kusanagi, Japon hükümetinin terörizm ve siber savaşla savaşmak için görevlendirilen gizli birimi olan 9. Kısım'ın takım lideri olan güzel ama ölümcül bir cyborg. Uzman eğitimli bir ekiple çevrili olan Motoko, yıllar önce bir kaçırma ve gasp komplosunu düzenleyen ve aniden yeniden ortaya çıkan bir terörist olan Gülen Adam ile karşı karşıya. Bu esrarengiz suçlunun kimliğini keşfetmek için Motoko ve Bölüm 9 ölümcül bir labirente çekilir ve hayatta kalmak için tüm uzmanlıklarını kullanmak zorunda kalırlar.