Rokujou Miharu, içinde bir hijustu (gizli teknik) yaşayan bir çocuktur. Bu hijustu, yaratmanın gücüdür. Birçok ninja klanı, onu, ninja dünyasının hükümdarı haline getiren kişi olarak arıyor. Rokujou'nun sınıf arkadaşı Kouichi, İngilizce öğretmeni Kumohira ile okulda bir nindou ("Ninja Yolu") kulübü kurdu. Hem Kouichi hem de Kumohira gizli ninjalar. Rokujou'yu ninjustu kulübüne katılmaya ikna etmeye çalıştılar. İlk başta isteksizdi, ancak hijutsu almaya çalışan bir grup ninjanın saldırısına uğradıktan sonra katılır. Hayatta kalabilmek için Nabari'nin Hükümdarı olmalı.