Komplo Dosyaları, 9/11 saldırılarını çevreleyen artan sayıda komplo teorisini araştırıyor. İnanılmaz bir şekilde bazıları, Amerikan Hükümetinin Dünya Ticaret Merkezi ve Pentagon'a yönelik saldırılara izin verdiğine veya aktif olarak yardım ettiğine inanıyor. Resmi versiyonu sorgulayanlar, Dünya Ticaret Merkezi binalarının aslında patlayıcılarla yıkıldığına inanıyor; diğerleri, gerçekten bir uçak çarpmışsa, Pentagon'un dış duvarında neden bu kadar az hasar olduğunu soruyor. Ve terör saldırısı uyarıları alındığında Amerika neden bu kadar hazırlıksızdı? Komplo Dosyaları soruşturmak için Amerika Birleşik Devletleri'ni dolaşıyor, görgü tanıklarıyla konuşuyor ve gerçeği kurgudan ayırmaya çalışıyor.