Strike Witches, İkinci Dünya Savaşı olaylarının gerçek olduğunu bildiğimizden çok farklı olduğu 1944'ün alternatif bir versiyonunda geçiyor. Neuroi olarak bilinen uzaylı istilacılar 1939'da Dünya'ya geldi. İnsanlık tarihi boyunca görünüşte rastgele aralıklarla ortaya çıktıkları için Neuroi'nin ilk ortaya çıkışı bu değil. Neuroi, insanlığa öncelikle uçakları kullanarak saldırırken, onların ana gemileri, insanlar için ölümcül derecede zehirli bir kimyasal olan ölümcül bir miasma üretebilir ve etkilenen bölgelerin popülasyonlarını evlerini terk etmeye zorlar. Neuroi daha sonra zehirli alanları, Dünya'nın doğal kaynaklarını insanlığa karşı kullanmak için yağmalamak için kullanır. Neyse ki miasma suya yayılamaz, bu da okyanus insanlığın Neuroi'ye karşı ana savunma hattını yapar. Normal insanlar miasmada savaşamazken, cadılar Neuroi'ye karşı askeri savunmanın ön safları haline geldi. Her cadı, çevrelerine yalnızca miazmayı engellemekle kalmayıp aynı zamanda onları fiziksel saldırılara karşı da koruyan bir savunma alanı yerleştirebilir. Savaşa uçmak için Striker Units adı verilen bacaklara monte makineler kullanan cadılar, büyülü yeteneklerini normal bir insan için çok büyük ve hantalca yıkıcı silahlar kullanmak için kullanırlar. Seri, Britanya Adaları'nı Neuroi'den korumak için ön saflarda savaşan 501. Müşterek Savaşçı Kanadı tarafından verilen savaşları takip ediyor. İnsanlık Dünya'yı geri alıp evlerine barış getirebilecek mi? Strike Witches'da öğrenin!