Kamijou Touma, teknoloji açısından oldukça gelişmiş bir yer olan Academy City'de yaşayan bir öğrencidir. Seviye sıfır esper (yetkisiz) olarak ölçülmesine rağmen, sağ elinde herhangi bir gücü yok sayan bir yetenek olan Imagine Breaker'a sahiptir. Touma, üyesi olduğu güçlü bir sihir örgütü olan Necessarius'tan kaçmaya çalışan Index adında genç bir kız bulur. Her türlü bilgiyi ezberleme becerisiyle kutsanmış, kafasında 103.000 yasak büyülü kitap tutuyor. Bilim ve sihrin yolları kesişirken Touma, heyecan verici bilim kasabasında ortaya çıkan büyücüler ve büyücüler arasında çeşitli tehlikelerle yüzleşmek zorundadır.