Seçilmiş bir kıza bir dilek yerine getirme gücüne sahip olan yakınlar vardır. Ancak, o kız daha sonra sihirli güçlere sahip bir Puella Magi, cadılara, cinayet ve intiharlardan sorumlu olan lanetlerden doğan kötü yaratıklara karşı savaşmalıdır. Madoka Kaname adlı bir kız öğrenci ve arkadaşı Sayaka Miki, Mami Tomoe adlı tanıdık bir Kyubey ve Puella Magi tarafından büyülü kızlar olma teklifleriyle yaklaşır. Homura Akemi adlı başka bir Peulla Magi, Madoka'nın böyle bir anlaşma yapmasını engellemeye çalışır.