Stargate Universe, gizli üsleri saldırıya uğradıklarında bir Stargate'den zorlandıkları için kendilerini savunmaları gereken bir grup asker, bilim adamı ve sivili takip ediyor. Umutsuz kurtulanlar, bilinmeyen bir rotaya kilitlenmiş ve Dünya'ya geri dönemeyen eski bir gemide ortaya çıkıyor. Yiyecek, su ve havanın en temel ihtiyaçlarını karşılamakla karşı karşıya kalan grup, hayatta kalmak için geminin Stargate'in sırlarını açmalıdır. Kader'de buldukları tehlike, macera ve umut, aralarındaki kahramanları ve kötü adamları ortaya çıkaracaktır.