Büyük bir deprem Japonya'nın anakarasını kasıp kavurdu ve Tokyo'nun çoğunu yok ederek dörtte üçünü okyanusa batırdı. On yıl sonra hikaye, görünüşte sıradan, mütevazı bir ortaokul öğrencisi olan Nagano Eyaletinin ortaokuluna giden Igarashi Ganta ile başlıyor. Büyük depremden kurtulan bir kaçak olan Ganta, trajediye dair hiçbir anıya sahip değildir ve basit, normal bir hayat yaşamıştır. Bütün bunlar bir gün, sınıfın pencerelerinden kan ve kızıl zırhla kaplı garip bir adamın havada süzülmesiyle değişir. Çılgınca sırıtarak, bu Kızıl Adam Ganta'nın tüm sınıfını katleder ve onu öldürmek yerine göğsüne kırmızı bir kristal parçası gömer. Katliamdan sonraki günler içinde, Ganta tek şüpheli ilan edildi ve şüpheli hızlı bir yargılamanın ardından, devasa bir eğlence parkı benzeri hapishane olan Deadman Wonderland'de ömür boyu hapis cezasına çarptırıldı.