Junjou Romantica, üç shonen-ai (erkek-aşk) çiftinin hayatlarını ve aşklarını takip eden bir anime. Hikayeler 3 gruba ayrılmıştır: Junjou Romantica, Junjou Egoist ve Junjou Terrorist. İlk çift Misaki ve Akihito'dur. Misaki'nin kardeşinin çocukluk arkadaşı Akihito ile yaşamak zorunda kalmasının hikayesi. Akihito, Misaki'nin ağabeyine tamamen aşık olduğundan, aptal küçük kardeşine katlanmak anlamına gelse bile, ona istediği her şeyi yapacaktır. Ancak Misaki'nin ağabeyi evlendikten sonra Akihito kalp kırıklığıyla nasıl başa çıkacak? Hikaye devam edecek Misaki, Akihito'yu teselli edecek ama bazen teselli romantizme dönüşüyor. Ayrıca Akihito'nun çocukluk arkadaşlarından biri olan ve Akihito'ya çok aşık olan Hiroki vardır. Sorun şu ki, Akihito Hiroki'yi arkadaşlıktan başka bir şekilde düşünmüyor. Neyse ki Hiroki için Nowaki ile tanışır.