Yepyeni bir Gundam zaman çizelgesinde geçen Demir Kanlı Orphans'ın hikayesi, Dünya ile Mars arasındaki Afet Savaşı adı verilen bir olaydan üç yüz yıl sonra başlıyor. İnsanlık o zamandan beri Mars'ı dünyasal hale getirdi, ancak şu anda yerli nüfusun çoğu Dünya'dan bağımsız olmak istiyor. İşte kahramanlarımız Mikazuki Augus ve Orga Itsuka devreye giriyor. CGS adlı özel bir güvenlik firmasının parçası olan Orga, Mars'ın bağımsızlığını özgür kılmak ve güvence altına almak istiyor ama terörist grup Gjallarhorn'un başka fikirleri var. Mikazuki, antik Gundam Barbatos'a pilotluk yapmayı ve muhtemelen arkadaşı Orga ve Mars'a bir bütün olarak yardım etmeyi seçtiği yer burasıdır.