Misaki Suzuhara, teyzesiyle birlikte yaşamak için Tokyo'ya yeni taşınan altıncı sınıf öğrencisidir. Angelic Layer olarak bilinen, bir kişinin bir oyuncak bebek satın alabileceği ve onu özel olarak tasarlayabileceği bir ticari fenomene rastlar. Oyuncak bebekleri bittiğinde, ona yeni teknolojiyle bağlanabilir ve "katman" olarak bilinen bir alanın sınırları içinde olduğu sürece, istedikleri gibi hareket etmesini sağlayabilirler. Bu alanlarda, turist tuzaklarında veya özel turnuvalarda gerçekleşen Angelic Layer'da kimin en iyi olduğunu görmek için savaşlar var; Misaki, sadece Icchan olarak bilinen ve onu oyunlara dahil eden garip bir adamla tanışır. Adam nedense tüm zamanların en büyük oyuncularından biri olma potansiyelinin yüksek olduğuna inanıyor.