Hikaye gelecekte biraz geçecek. Heisei döneminden genç ilkokul öğrencisi Suzuhara Sorata, belirli bir şarkının rehberliğinde, ders kitaplarından Meiji veya Taishou dönemine ait kasabalara çok benzeyen alışılmadık bir yere atlayarak geçirilir. Bu dünyada, üç genç bayan ve dokuz genç erkekle tanışır ve havada yüzen dev bir küre olan gizemli Norn gemisinde bir yolculuğa çıkar.