Dünya, "İnsanlık Tarihinin En Büyük, En Korkunç, En Trajik Olayına" neden olan Nihai Umutsuzluk tarafından yok edilmeye çok yakındı. Bu dünyayı olayın kaosundan kurtarmak için Gelecek Vakfı kuruldu. Örgüt dünyayı yeniden kurma faaliyetlerine devam etse de Makoto Naegi, bir Umutsuzluk Kalanını koruduğu için vatana ihanet şüphesi altındadır. Gelecek Vakfı üyeleri, cezasına karar vermek için bir araya gelmişlerdi, ancak hepsi, "Nihai Öldürme" ye başlamalarını talep eden Monokuma tarafından buluştukları yerde mahsur kaldılar. Bileklerinde garip bilezikler var ve belli bir zaman geldiğinde sakinleştiriciler veriliyor. İşleri daha da kötüleştirmek için, saflarında Gelecek Vakfı üyelerini öldürmeye gelen gerçek bir hain var. Sınıf yargılamalarının olmadığı bu oyunda, hainden kurtulmanın tek yolu onu bulup öldürmektir. Naegi, öldürüldüğü ya da öldürüldüğü nihai ölüm oyunuyla yüzleşmek zorunda kalır. Umudun umudu öldürdüğü çaresizlik hikayesi başlar.