Gazth-Sonika ülkesinde iç savaş devam ediyor. Orada, Madlax adlı bir paralı asker, neredeyse doğaüstü bir beceriyle ticaretini sürdürüyor. Görünüşte barışçıl olan Nafrece ülkesinde Margaret Burton sakin bir hayat yaşıyor. Hayatları ne kadar ayrı görünse de, ikisi arasında gizem bağları ve yine karanlık organizasyon Anfan tarafından aranan kutsal bir kitap vardır. Margaret ve Madlax kaderlerinin yolunu izledikçe gerçeği ortaya çıkarmaya daha da yaklaşırlar - bunun öğrenmeye katlanabilecekleri bir gerçek olduğuna dair hiçbir garanti olmadan.