1937 yılında, İkinci Dünya Savaşı arifesinde geçen hikaye, "D Ajansı" olarak bilinen gizemli bir casus eğitim örgütünü içeriyor. Organizasyon Japon İmparatorluk Ordusu'ndan Yarbay Yuuki tarafından kurulmuştur. İdealleri, onu askeri akademi mezunları ve personelinin ötesinde insanları işe almaya yönlendirirken, onları manipülasyon sanatlarında yetenekli ajanlar olmaları için eğitiyor. Bu ajanlar, operasyonları yürütmek için özel bir ekip haline gelecekti. Jirou Gamou adı altında böyle bir anti-kahraman ajanı, kendi saflarından ve dışından güçlerle savaşırken "Kara Notlar" adlı gizli belgeleri ortaya çıkarmak için zorlu bir göreve çıkıyor.