Ykarus Biotech uzay istasyonunda, muazzam güçlü AI Sciron, Kaladian toplumunu Hastalıktan kurtarmak için yaratıldı. Kaladianları hastalıktan koruyan, ancak onları tüm duygu ve hislerinden yoksun bırakan bir virüs yarattı. Ve şimdi Sciron, devralmak için Siber ordusunu kullanıyor. Son Komutanlar'da Skye, oyuncuları kontrol ettikleri özgürlük savaşçılarıyla buluşturuyor. Sadece avatarlarıyla uzay istasyonunda onlara rehberlik etmek için konuşmakla kalmıyorlar, komutanlar karakterlerinin duyduğunu duyuyor ve karakterlerinin gördüğünü görüyorlar.