Opera gibi, hikaye de 1900'lerin başlarında Nagazaki'de geçiyor. Küçük yaşta anne ve babasını kaybeden ve çırak bir geyşa olan Kelebek olarak bilinen genç bir kadının iniş çıkışlarını anlatıyor. Daha sonra bir deniz subayı ile tanışır ve evlenir, ancak subay evliliğin yalnızca Nagasaki'de görev yaparken sürmesini ister.