Çizgi film versiyonu temel olarak popüler 1966 filminin kaldığı yerden devam etti. "Birleşik Minyatür Savunma Gücü" olarak bilinen hükümet bilim adamlarından oluşan bir ekip, normal büyüklükteki kaşifler için çok küçük alanlara erişmek için gönüllü olarak mikroskobik boyuta küçültüldü. Komutan Jonathan Kidd, Voyager adlı yüksek teknolojili bir araçla seyahat eden mürettebatı yönetti. Bilim adamı Busby Birdwell (gemiyi inşa eden) kontrollerdeyken, Voyager bir denizaltı gibi su altına dalabilir, bir uçak gibi havada uçabilir veya bir UFO gibi uzaya fırlayabilir. Karikatür versiyonu ayrıca Profesör Carter, biyolog Erica Lane ve bir tür "gizemli güce" sahip olan mistik Guru'yu içeriyordu. Her ne olursa olsun işe yaradı - her bölümde ekip, bilinmeyen mikroskobik yaratıklarla ve küçülmüş düşman casuslarıyla karşı karşıya kaldı ve hepsi CMDF'yi durdurmak için dışarı çıktı. Animasyon basitken...