Senjyushi: The Thousand Noble Musketeers'ın hikayesi, nükleer savaşın harap ettiği bir dünyada geçiyor. Hayatta kalanlar, insanları özgürlüklerinden mahrum bırakan zalim, dünya çapında bir İmparatorluk tarafından bastırılıyor, ancak ordular yasaklanmış olsa da, küçük bir direniş savaşçısı grubu hala sanat eseri olarak korunan antika ateşli silahlar kullanarak İmparatora karşı çıkıyor. Silahlarının ruhunu miras alan bu adamlar, "Soylu Silahşörler" olarak bilinirler.