Yuuta Hibiki, Tsutsujidai'de yaşayan lise birinci sınıf öğrencisidir. Bir gün, anıları olmadan uyanır. Yuuta daha sonra eski bir bilgisayarın içindeki Hiper Ajan GRIDMAN ile tanışır. GRIDMAN ona amacını gerçekleştirmesini söyler. Yuuta'nın bu sözlerin ardındaki anlamı anlama ve anılarını bulma arayışı başlar. Tüm bunlar aniden olurken, Yuuta sınıf arkadaşları Shou Utsumi, Rikka Takarada ve Akane Shinjou'dan yardım alır, ancak... O huzurlu günler aniden ortaya çıkan bir canavar tarafından acımasızca yok edilir.