Uzak bir gelecekte insanlık bir kez daha "Gölge Melekler" tehdidiyle karşı karşıya. 12.000 yıllık yokluğun ardından geri dönen mistik yaratıklar. İnsan şehirlerine saldırıyorlar ve "prana" larını (hayati enerjilerini) boşaltmak için sakinlerini kaçırıyorlar. Onlara karşı savaşmak için, dünyanın dört bir yanından özel güçlere sahip gençler toplandı ve birlikte insanlığın nihai silahı olan "Aquarion" u oluşturan üç antik gemi olan "vektör makinelerine" pilotluk etmek üzere eğitildi. Hikaye esas olarak, insanlığı korumak için kendi türüne karşı savaşan düşmüş bir melek olan Apolonius'un reenkarnasyonu olarak söylenen bir genç olan Apollo'nun etrafında dönüyor. Çok az kişi bunun doğru olabileceğine inanıyor, ancak gerçek şu ki, evcilleşmemiş ve pervasız doğasına rağmen, Gölge Meleklere karşı savaşta paha biçilmez bir varlık olduğunu kanıtladı.