Efsane, esrarengiz Binyıl Bulmacasının eski sırlarını çözen kişiye bir dilek vereceğini söylüyor. Bunu çözdükten sonra, lise öğrencisi Yuugi Mutou, içinde bulunan tuhaf bir varlık olan "başka bir Yuugi" yi serbest bırakır. Şimdi, ne zaman bir ikilemle karşı karşıya kalsa, bu gizemli ikinci benlik ortaya çıkıyor ve dertlerinde ona yardım ediyor. Bu tuhaf ruhun ardındaki gizemi çözmek isteyen Yuugi ve arkadaşları kendilerini, içlerindeki büyük gücü kullanmak için umutsuz bir girişimde Millenium Bulmacasını çalmak isteyen insanlar tarafından kullanılan zorlu bir kart oyunu olan "Duel Monsters" da birkaç rakiple rekabet ederken bulurlar. Sorular biriktikçe, bu düellolarda gururdan daha fazlası olduğunu anlamaları çok uzun sürmez.