33 yıl önce, genel nüfusun haberi olmadan, uzaylı bir güç, Dünya'yı istila etmek için Antarktika'da boyutlar arası bir kapı açtı. Dünyanın birleşik kuvvetleri, uzaylılarla savaşmak için Birleşmiş Milletler komutasında bir askeri birlik oluşturdu. En son havacılık teknolojisini kullanarak, uzaylıları portaldan "Peri" dedikleri gezegene geri göndermeyi başardılar. Ama savaş hala şiddetle devam ediyor. Seçkin Özel Hava Kuvvetleri (SAF) biriminde bir pilot olan Rei Fukai, neredeyse duyarlı bir bilgisayar kontrol sistemine sahip gelişmiş bir savaşçı olan Yukikaze'yi uçuruyor.