Cowboy Bebop, hepsi geçmişten kaçmaya çalışan üç ödül avcısı, yani "kovboy" hakkındadır. Ölümcül oldukları kadar farklı olan Spike Spiegel, Jet Black ve Faye Valentine, güneş sisteminin en tehlikeli suçlularını doğru fiyata avlamaya hazır, huysuz, sinsi bir ekip oluşturuyor. Ancak, geçmişleri nihayet onları yakalamadan önce, pek çok itiş kakıştan kurtulmanın yollarını ancak tekmeleyebilirler.