Rockman EXE Axess'in devamı ve Rockman EXE anime serisinin üçüncü animesi olan Rockman EXE Stream, Axess'in kaldığı yerden Netto ve Rockman'ın Nebula'nın lideri Dr. Regal'e karşı mücadelesini konu alıyor. Artık daha büyük bir şey Dünya için tehdit oluşturuyor ve onun adı Duo. Uzaydan gelen gizemli bir net navi'nin görevi, karanlıkla yaşayan gezegenleri silmektir. Regal'in Kara Çiplerinden gizlenen sürekli kötülük nedeniyle Duo, Dünya'yı yok etmeye koyulur. Peki Netto ve Rockman ona dünyanın iyiliklerle dolu olduğunu kanıtlayabilecekler mi? Duo'nun ortağı Slur, Netto ve Rockman'a karşı ahlaklarını test etmek için belirli insanlara Asteroid Navis'i (her an gerçek dünyada görünme yeteneğine sahip, dahil edilen Boyutsal Çiple birlikte görünme yeteneğine sahip navis) gönderir. Bu insanlardan bazıları bir araya gelerek Gauss'un kızının liderliğinde Neo Dünya Üç adlı bir grup oluşturuyor! Fakat gerçek niyetleri nedir ve nasıl olacaklar?