Himawari Hinata kısa süre önce olabileceği en iyi kunoichi olmak için eğitmek için Shinobi Gakuen'e transfer oldu. Küçükken biri tarafından kurtarıldığından beri ninja olmak istiyordu. İlk gününde, hayatını kurtaran Hayato Madenokoji (yeni bir transfer öğretmeni) ile tanışır. Hayato herhangi bir ninja becerisine veya özelliğine sahip değil, ninjalara borcunu ödemeleri için normal toplum hakkında öğretiyor. Ancak Himawari, Hayato'nun boynunda, gençken onu kurtaran ninja ile aynı işareti taşıdığını fark eder.