Dünya gizli bir organizasyon olan Chronos tarafından gizlice kontrol ediliyor. Bu gizemli organizasyonun komutası altında, sözde barışı korumak için belirli hedefleri gizlice ortadan kaldırmak için emir alan bir grup güçlü suikastçı olan Chronos Numbers vardır. En güçlülerinden biri, Kara Kedi olarak da bilinen Number XIII, Train Heartnet'tir. İlk başta acımasız bir katil gibi görünüyor, ancak bir kız Sweeper ile tanışması onu tamamen değiştirdi. Şimdi bir Süpürücü olarak Train, suçluları avlamak için ortağı Sven Vollfield ile birlikte seyahat ediyor.