Pinky ve Beyin, genetiğiyle oynanmış bu iki laboratuvar faresi, Acme Labs artık olmadığı için evsiz. Ve gizli bir organizasyon Brain'i yakalamak istediği için farelerin saklanacak bir yere ihtiyacı var. Bir evcil hayvan dükkanında saklanırken fareler, Elmyra Duff tarafından satın alındı. Şimdi fareler, Elmyra'nın evinden ameliyat etmek ve onun hayvanlara bakma konusundaki çarpık yöntemlerine katlanmak zorunda kalıyor. Tüm bu yeni komplikasyonlara rağmen, Pinky ve Beyin hala dünyayı ele geçirmeye çalışmaya devam ediyor.