Feodal Japonya'da geçen Shogun, farklı dünyalardan iki hırslı adamın ve gizemli bir kadın samurayın çarpışmasını anlatıyor: Risk almayı seven İngiliz denizci John Blackthorne, alışılmadık kültürü onu eninde sonunda yeniden tanımlayacak bir ülke olan Japonya'da kazaya uğrar; Zeki ve güçlü bir daimyo olan Lord Toranaga, kendi tehlikeli, siyasi rakipleriyle anlaşmazlığa düşer; ve paha biçilemez becerilere sahip ancak onursuz aile bağları olan, değerini ve bağlılığını kanıtlaması gereken Leydi Mariko.